I de 172 år, Christiansø var en operativ fæstning har, befolkningstallet og sammensætningen (fagligt, socialt, demografisk) sandsynligvis skiftet enormt meget. I 1807 boede der 446 mennesker på fæstningen: soldater, artillerister og underofficerer, lodsmatroser, kvinder, børn, pensionister og et betragteligt antal almisselemmer. Almisselemmerne og pensionisterne var oftest tidligere ansatte eller enker efter afdøde soldater, som havde fået lov til at blive boende.
Toppen af samfundet udgjordes af fæstningens kommandant og de såkaldte civile betjente: proviantforvalteren, auditøren, lægen, præsten, skolelæreren. Ligesom i dag var der også dengang en gruppe af håndværkere: smeden, tømreren, mureren, mølleren m.fl. Desuden var der en voldmester og en justitskvartermester, en kroholder m.fl.
Christiansø lå på hovedfærdselsåren for al handelstrafikken ind og ud af Østersøen, og fæstningens havn anvendtes flittigt af de mange skibe på vejen til og fra havnebyerne ved Østersøens bredder. Herfra hentede stormagterne råmaterialer som hamp, kanvas, tømmer jern og tjære, som var nødvendige til skibsbygning. Østersøregionen var på grund af disse flåderessourcer i sejlskibenes æra ekstremt vigtig og på det nærmeste at ligne med Mellemøsten qua olien i vore dage. Christiansø gav af samme grund årligt ly til omkring 300 skibe fra Nordamerika og de europæiske nationer. For at lyse søvejen op for handelsflåderne blev der i 1805 bygget et fyr i Store Tårn.
Netop Østersøens vigtighed og Danmarks beliggenhed ved indsejlingen resulterede i, at Danmark kom i krig igen i starten af 1800-tallet med England som hovedmodstander.
Under den syv år lange krig blev Christiansøs befolkningstal mere end fordoblet af soldater, der blev sendt til øerne som forstærkning. Christiansø kom til at spille en vigtig rolle som base for de danske statsautoriserede sørøvere, kaperne, og fæstningen blev en af Danmarks vigtigste kaperbaser. Fra Christiansø angreb kaperne engelske og svenske handelsskibe i Østersøen, og fæstningen gav briterne hovedpine helt op på regeringsniveau. Den engelske regering blev hurtigt opmærksom på Christiansø, da fæstningens beliggenhed og havn egnede sig perfekt til briternes egne operationer i Østersøen.
Maleriet hænger i dag i administratorboligen i Hvide Hus.
I 1808 blev Christiansø af samme grund mål for det værste angreb, englænderne under krigen forrettede mod nogen dansk-norsk besiddelse, hvis man ser bort fra Københavns bombardement året før. Angrebet mislykkedes dog, og englænderne måtte sejle hjem med uforrettet sag. Gennem resten af krigen blev planer om en erobring af fæstningen dog løbende hevet frem af skuffen i det engelske admiralitet.
I 1809 blev Christiansø scene for et stort mytteri, da 200 hvervede soldater fra Marineregimentet gjorde oprør. Mytteristerne stak kommandanten ned med en bajonet, anholdt fæstningens officerer og tog kontrol over hele Christiansø. Oprøret forløb over flere døgn med kaos, fuldskab, voldhandlinger og drab. Det endte med, at oprørerne flygtede i et par både til Sverige.
Som en følge af det engelske angreb i 1808 blev Christiansøs befæstning udbygget voldsomt. De enorme volde, bastioner og krudtmagasiner, som giver Christiansø en væsentlig del af sit særprægede udseende, blev bygget i denne periode. De tusinder af tons klippemateriale, der skulle bruges til befæstningen, medførte, at Ertholmene blev sprængt til uigenkendelighed. De mange klippeplateauer, der har former som terrasselignende landskaber rundt omkring på øen (de ses tydeligt ved Bjelkes Vig og Pikkervig) vidner om dette.
Christiansøs krigshelt Johan von Kohl
I fæstningstiden havde Christiansøs øverstbefalende titel af kommandant. Kommandanten var typisk en søofficer, som var blevet sendt over fra København, men et par gange i historien opnåede en indfødt christiansøbo rang af kommandant på fæstningen.
Den vel nok mest berømte af dem var Johan Henrik August von Kohl. Han blev født på Christiansø i 1763 som søn af Andreas August von Kohl, en officer på fæstningen. Efter sin konfirmation stod den unge Johan von Kohl ud med et skib til Dansk Vestindien, hvor han blev uddannet styrmand. Efter flere år til søs vendte han som 20-årig hjem til Christiansø for at besøge sine forældre. Under besøget forliste et skib ude på Tat, den lille ø nord for Græsholm. Kohl roede ud i stormen og redede skibets besætning. Den gamle kommandant blev så begejstret for den unge sømand, at han tilbød ham et job som officer på Christiansø. Både Johan von Kohl og hans fader må have gjort det godt som officerer, for i 1793 blev Andreas August von Kohl kommandant på Christiansø. Men efter kun et par måneder døde han. Derfor overtog Johan von Kohl kommandantposten efter sin afdøde far. Han beklædte posten til 1811.
Johan von Kohl kommanderede fæstningen både under det engelske angreb i 1808 og ved det blodige mytteri i 1809 – og blev såret ved begge lejligheder. Johan von Kohl er vel det tætteste, Christiansø kommer på en rigtig helt. Ikke kun på grund af sit mod, men også fordi han var en meget mild og omsorgsfuld kommandant, der ofte hjalp de fattige beboere med penge af egen lomme.
Kanonbådsslaget ved Christiansø i 1813
I 1810 fik Christiansø 4 kanonjoller, som hed Svaneke, Allinge, Rønne og Gudhjem. Det var store robåde med en enkelt kanon på, beregnet til at holde fjenden væk fra øerne. I 1813 trak det op til krig med Sverige, og en svensk krigsbrig lagde sig ud for Christiansø og begyndte at jage og undersøge de bornholmske både, som sejlede til og fra fæstningen. Kommandanten roede da ud og spurgte den svenske skibschef, grev Cronstedt, hvad han dog lavede. Officielt var krigen endnu ikke erklæret. Kommandanten fik til svar, at svenskeren, havde fået ordre hjemmefra til at blokere Christiansø. Det ville fæstningens besætning ikke finde sig i, og kommandanten gav sin næstkommanderende, Hans Emmanuel Wulff, ordre til at gå ud med kanonbådene og jage de frække svenskere væk. Ved middagstid begyndte kanonerne at brage. Briggens hækjolle blev skudt ned og gennemhullet af kugler. Svenskeren lagde sig nu på skudhold, og gav kanonbådene et par bredsider. De fleste kugler susede hen over hovederne på kanonjollernes besætning. En kugle knuste dog et par årer på Allinge, og Svaneke blev ramt af en kugle i skroget. Klokken kvart i 1 sendte svenskeren en parlamentærbåd over til de danske kanonjoller og spurgte, om der var blevet erklæret krig mellem Danmark og Sverige. Hans Emmanuel Wulf svarede, at siden Cronstedt selv havde forkyndt dette med sin nærværelse, så havde han ordre til at jage ham væk. Herefter flygtede den svenske brig stærkt ramponeret.
Dagens helt, Hans Emmanuel Wulff, blev senere kommandant på Christiansø, og dr. Dampe skrev mange år efter et hyldestdigt til Wulff om den heltemodige kamp mod den svenske brig. På Christiansøs kirkegård ligger Wulffs kone og lille datter. Wulff forlod dem, da han senere aftrådte som kommandant.