Aufgrund der geringen Größe und der isolierten Lage des Archipels in der Ostsee gibt es keine Landsäugetiere, die auf den Inseln heimisch sind.
Im 19. Jahrhundert waren stets Robben auf den Inseln zu sehen, doch zu Beginn des 20. Jahrhunderts wurden sie hier und auf Bornholm massenweise abgeschossen. Erst in den letzten Jahren ist die Kegelrobbe zurückgekehrt. Mit bis zu 400 rastenden Kegelrobben 2013 machen die Ertholmene heute den größten Rastplatz dieser großen Robbenart in Dänemark aus.
Vereinzelt kann man auf den Inseln ziehende Fledermäuse beobachten.
Das Tierleben auf den Inseln konzentriert sich besonders auf deren Wasserlöcher und Deiche. Am lautstärksten sind die Teichfrösche, die sich aber so schnell verstecken, dass man sie nur selten sieht. Bei Regenwetter kommen die Erdkröten zum Vorschein, dann muss man vorsichtig auftreten. Auch Teichmolche und Wechselkröten findet man auf den Inseln. Es gibt kaum Säugetiere auf den Ertholmene, doch bis heute lebt hier ein kleiner Bestand an Meerschweinchen, die in den 1950er Jahren hier ausgesetzt wurden.
Die Ertholmene waren jahrhundertelang ein Fischereizentrum in der Ostsee, und rund um das Archipel gibt es zahlreiche Laichplätze verschiedener Fischarten. Hier gibt es Bestände an Hering, Flunder, Steinbutt, Hornhecht, Aal, Dorsch und Lachs. Weil die Ostsee hier viel Brackwasser führt, kann man im flachen Wasser um die Inseln herum häufig Seeskorpione, Heringe, Sprotten, Aale, Aalmuttern und Hechte beobachten.
Der Fischfang ist durch den Rückgang der Fischbestände, auch und besonders infolge der wachsenden Kegelrobbenkolonien, sowie aufgrund von Beschränkungen so weit zurückgegangen, dass er keine Bedeutung mehr für das Erwerbsleben der Inseln hat.
Der Hering, den der kleinen Fischverarbeitungsbetrieb der Insel, Ruths Kryddersild, zubereitet, wird importiert.
HONIGBIENEN AUF CHRISTIANSØ
Die Ertholmene sind ein Reservat für nordische Honigbienen.
Das ist die alte Rasse der Honigbienen, die bis vor etwa 170 Jahren die einzige nördlich der Alpen war.
In Dänemark gibt es die alte Bienenrasse nur noch auf Inseln – Læsø, Endelave, Anholt und eben den Ertholmene.
Überall sonst im Land werden andere Unterarten oder Mischungen verschiedener Bienenarten gezüchtet.
Die nordischen Honigbienen fliegen schon bei niedrigeren Temperaturen als andere Bienenarten. Sie brauchen nicht so viel Winterfutter und überstehen den Winter besser.
Aus Rücksicht auf die Zucht ist es wichtig, die Bienen vor der Vermischung mit anderen Bienenrassen zu schützen. Dafür dient Christiansø als „Paarungsstation“, denn Bienenzüchter können hier ihre unbefruchteten Königinnen mit nordischen Drohnen paaren lassen.
Die Inselbewohner freuen sich über die Bienen. Sie erzählen, dass sie zehn Mal so viele Erdbeeren und Äpfel ernten wie früher, als es hier noch keine Bienen gab, die die Blüten bestäubten.
Die Bienen sorgen auch für eine bessere Bestäubung der blühenden Wildpflanzen, weshalb es heute mehr Samen und Beeren für die vielen Zugvögel gibt, die auf den Inseln zwischenlanden.