Das Klima auf den Ertholmene ist trockener und sonniger als im übrigen Dänemark. Die Lufttemperatur entspricht im Jahresdurchschnitt in etwa der des ganzen Landes, doch weichen die Monatswerte voneinander ab. Das liegt daran, dass die Wassertemperatur der Ostsee einen wesentlichen Einfluss auf die Lufttemperatur auf den Inseln hat. Auf den Ertholmene liegen die Temperaturen im Oktober bis Januar daher höher und im März bis Juni niedriger als im dänischen Durchschnitt.
Die niedrigen Meerestemperaturen im Frühjahr bewirken unter anderem, dass viele Pflanzen und Bäume zwei bis drei Wochen später knospen als beispielsweise auf der dänischen Hauptstadtinsel Seeland.
Klima und Natur auf Christiansø stehen unter dem ausgeprägten Einfluss der umliegenden Ostsee einerseits und des massiven Granits, aus dem die Inseln bestehen, andererseits. Sowohl das Meer als auch die Felsen nehmen in den Sommermonaten viel Wärme auf. Dadurch ist es auf den Inseln bis tief in den Herbst hinein mild. Auf der anderen Seite ist das Frühjahr wegen der kalten Meerestemperaturen recht kühl, und die Knospen der Pflanzen entwickeln sich auf den Inseln etwas später als im Rest Dänemarks.
